Um mkdir simples é atômico (se você estiver usando NTFS, há chances de que ele não seja atômico, precise de alguma verificação).
Por dedução, o mkdir -p folder1 / folder2 / começa criando a pasta1 que é atômica. Se ao mesmo tempo outro processo tentar criar folder1 também, ele verá que folder1 é criado, então ele tentará criar folder2 que falhará (se o primeiro processo já criou folder2) ou será bem-sucedido e o primeiro processo falhará.
Isso não deve ser um problema se isso for tratado adequadamente (ou seja, bom tratamento de erros).