A fragmentação de disco nas VMs é apenas um fato da vida pelo motivo que você descreveu. Na maioria das cargas de trabalho, não é algo que precisa se preocupar. Se você tem cargas de trabalho que executam IO sequencial em massa, isso pode ser uma causa de baixo desempenho, mas não de cargas de trabalho de leitura / gravação aleatórias.
Há uma razão pela qual as VMs são às vezes chamadas de liquidificadores de E / S:)