O SCCM é uma ferramenta para implantação de SO, implantação de software, inventário de hardware / software e atualizações de software (principalmente Windows). SCCM Definitivamente tem algumas peculiaridades, mas é MUITO bom em seu trabalho. O que acontecerá eventualmente é que algo vai clicar e você finalmente "Get It" e as coisas vão se tornar muito mais fáceis. Eu recomendaria ficar com ele um pouco mais.
SCOM resolve sua necessidade de monitoramento operacional. Na verdade, há MPs do SCOM da Microsoft (criados principalmente pelas equipes reais de produtos para os produtos que eles monitoram) para todos os softwares que você mencionou.
SCOM não diretamente "Agrega logs de eventos para que haja um local central para monitorar a saúde de uma organização", pois isso é ineficiente e desnecessário, você escreverá regras e monitores que executam o monitoramento necessário sem simplesmente coletar tudo primeiro.
Recomendamos enfaticamente que você encontre um grupo de usuários do System Center na sua área. Esses grupos são fontes inestimáveis de contatos que sabem o que estão fazendo no System Center e geralmente ficam felizes em ajudar. Eu também verifico o link como uma excelente fonte de informações do System Center. Finalmente, se você puder alterá-lo, tente ir para o Microsoft Management Summit em 2012 como a melhor fonte única de informações técnicas e treinamento do System Center.
Se você tiver um Microsoft EA, verifique com seu TAM e veja se ele pode obter algum tipo de acordo de início rápido, onde ele pagará por algumas horas de consultoria no site se você adicionar o licenciamento SCOM. Você também pode já ter dias de DPS (acho que é o que eles são chamados) incluídos no seu contrato, aproveite isso!