Você pode definir as frequências máxima e mínima definindo /sys/devices/system/cpu/cpu**N**/cpufreq/scaling_min_freq
e /sys/devices/system/cpu/cpu**N**/cpufreq/scaling_max_freq
Detalhes são descritos neste documento: link
Editar:
Você pode alcançar o mesmo usando cpufreq-set
em cpufrequtils
pacote: link