(respondendo minha própria pergunta no caso de alguém encontrá-lo enquanto procura por semelhante.) Existem possivelmente até 9 milhões de arquivos no diretório.
Infelizmente, não é possível fazer login no servidor diretamente, é um appliance. O único acesso aos sistemas de arquivos é via exportação.
rm -rf não parece funcionar. observando com strace estava pendurado.
ache que não foi completo, morreu sem erro.
ls -1 nunca pareceu completar. (Eu percebo agora que ele tenta classificar os resultados, ls-1f pode ter funcionado eventualmente).
o que funcionou foi um simples snippet perl. Eu suponho que o código c funcionaria da mesma forma.
opendir( my $dh, '/home/foo' ) or die $!
while ( my $file = readdir $dh ) {
print "$file\n";
}