Jess,
Sem saber mais sobre seu ambiente ou padrões de uso, direi que você pode ver um melhor desempenho com cada cliente tendo seu próprio banco de dados (portanto, milhares de bancos de dados menores versus um grande banco de dados). Você poderia reduzir potencialmente as chances de bloqueio de tabela e linha, já que os clientes só atingirão seu próprio conjunto exclusivo de tabelas, em vez de compartilhar um conjunto de tabelas. A E / S de disco ainda seria um fator limitante.
Além disso, a segurança seria mais clara, pois cada banco de dados teria seu próprio conjunto exclusivo de permissões para cada cliente. Como você afirmou, os backups e restaurações seriam muito mais rápidos com os bancos de dados menores, mas a configuração e a manutenção dessas tarefas de backup seriam extremamente complexas (mas parece que você já considerou isso).
Se você tiver o hardware, eu recomendo configurar arrays RAID diferentes para seus dados, logs e TempDB (como Sam sugeriu). Se você estiver usando algum tipo de armazenamento de conexão direta ou SAN e puder arrays extras, pode até considerar dividir os arquivos reais dos bancos de dados em matrizes diferentes.
HTH, Dan