Havia uma instalação do SQL Express lá de uma vez? A coisa que me confunde é que o SQL Server 2008 R2 Express tem um limite de 10GB, então não tenho idéia de onde o 4GB está vindo. Talvez o processo de atualização do 2005 Express para o 2008 R2 não esteja funcionando corretamente e não altere o limite de tamanho do banco de dados.
Meu melhor conselho seria uma reinstalação completa do software SQL. A única maneira que posso imaginar que um limite de 4 GB estaria no lugar seria se o SQL Server 2005 Express fosse instalado primeiro.