Dave, Alguns pensamentos para começar:
Estou assumindo que é o w3wp.exe que está comendo seus recursos. Caso contrário, pode valer a pena executar alguns relatórios PAL para obter uma visão melhor sobre a integridade geral do servidor: link Às vezes, irei até mesmo executar o PAL, mesmo que seja um problema do IIS ... O PAL pode detectar todos os tipos de problemas que você nunca pensaria.
Verifique o Monitor de Desempenho (antes e durante o pico) ... tente descobrir se o seu Pedido de Aplicações ASP.Net / Sec é mais alto durante os períodos de "resposta lenta" ... Acho que é o caminho mais rápido para informar se você está lidando com mais solicitações do que o normal.
Tente descobrir se há uma (ou algumas) páginas que levam mais tempo para carregar. Certifique-se de que as estatísticas do IIS estão sendo registradas e, em seguida, procure um aumento no tempo necessário. Analisador de registro de check-out ( link ).
Ah, e não se esqueça do link do perfilador do StackExchange, depois de descobrir qual URL está causando o problema.
Além disso, não negligencie qualquer erro de .NET que você tenha no lugar: -)
Deixe-nos saber o que você vê. -Chris