Depende do sistema de arquivos e da verificação real. Por exemplo. geralmente não é uma boa idéia interromper um reiserfsck --rebuild-tree , mas nada pode acontecer ao interromper um fsck somente leitura de um sistema de arquivos ext3.
Eu tenho um servidor que eu reiniciei sem usar a opção f no meu comando shutdown, e ele começou a fazer um fsck de um sistema de arquivos muito grande ... o que levará muito tempo, como você pode imaginar. É seguro reiniciar enquanto isso está em andamento para contornar isso?
A checagem do sistema de arquivos na inicialização é geralmente somente leitura até encontrar um problema, então ele irá avisá-lo antes de fazer qualquer alteração, então é provável que seja uma interseção segura.
Mas é bem possível (e não é incomum que os servidores precisem voltar após a falta de energia) para que ele seja definido como correção automática, portanto, a menos que você saiba por certifique-se de que o seu sistema não está configurado desta forma, deixe-o correr para a conclusão por segurança.
A maioria dos programas fsck são escritos de tal forma que qualquer alteração feita é tão atômica quanto possível e eles limparão (completando ou revertendo qualquer alteração atual) antes de responder a um sinal TERM ou INT (SIGINT é o que é enviado para o processo ativo quando ctrl + c é pressionado) então mesmo um fsck ativamente escrito deve ser seguro para interromper, mas eu não recomendaria correr o risco - melhor prevenir do que desculpe!
Eu não pararia com isso. Sim, provavelmente não há um problema com um auto fsck acionado por ele ser o 37º ou o que já foi montado sem precisar de um, mas provavelmente é uma boa coisa para fazer.
Obtenha um sistema de arquivos com diário ou melhor. Obtenha o btrfs (e faça o backup :-D).