Tanto o FTPS quanto o HTTPS usam o mesmo tipo básico de certificado (certificado de servidor SSL). No entanto, dependendo do seu software, você pode precisar dele em um formato diferente, como pkcs8 em vez de x509. Existem maneiras de converter entre esses formatos (principalmente na linha de comando openssl). As probabilidades são altas de que os clientes estejam usando as mesmas bibliotecas para as partes SSL de FTPS quanto para HTTPS; mesmo para os servidores.
Não estou fazendo nenhum FTPS, mas posso dizer que usamos os formatos exatamente iguais de certificados para HTTPS, IMAPS, IMAP + TLS, SMTP + TLS, LDAPS, LDAP + TLS , etc ...