Se você tem cygwin, então pode simplesmente executar algo assim em sua máquina local:
ssh user@host 'tar cj directory' > /cygdrive/c/archive.tar.bz2
e colocará o arquivo tar em c: \ archive.tar.bz2
Se você não tem cygwin, pode fazer o mesmo com plink (parte do PuTTY) de uma janela de comando;
plink user@host 'tar cj directory' > c:\archive.tar.bz2
(Eu estou supondo que você está no Windows, se você estiver usando PuTTY - se você estiver no Linux, basta executar o comando ssh)