Você não sabe ao certo onde app1.exe está localizado.
Se ele compartilhar a pasta com run1.bat, altere run1.bat
para
@Echo off
Pushd "%~dp0"
app1.exe
popd
ou
@Echo off
"%~dp0app1.exe"
%0
refere-se ao lote atualmente em execução e o modificador ~dp
retorna o drive e o caminho (com uma barra invertida à direita).