Há uma boa resposta SO no link sobre o assunto de desempenho. O tl; dr é que o NAT (encaminhamento de porta em alguns casos) introduz alguma latência. No entanto, é provavelmente insignificante em escalas menores.
Eu executo o HAProxy como um contêiner em produção com encaminhamento de porta através da ponte NAT do Docker. O aplicativo e o HAProxy foram originalmente executados em bare-metal. Qualquer latência ou sobrecarga que possa ter sido introduzida pelo Docker é muito insignificante para dizer.