Ao usar 6to4, você não transmite pacotes IPv6. Em vez disso, pacotes IPv4 especiais são agrupados em cargas úteis IPv6. Esses pacotes possuem o protocolo IPv4 41, conforme definido pela RFC 2473.
iptables -t filter -I INPUT -p 41 -j ACCEPT iptables -t filter -I OUTPUT -p 41 -j ACCEPT