Você já tentou remover o php53u? Um simples:
yum remove php53u
Seguido por:
yum install php54
Deve estar fazendo o truque para você. Se não, você pode tentar remover o (s) pacote (s) php53u usando a ferramenta 'rpm', deixando as dependências intactas, mas primeiro verifique a lista de pacotes instalados para depois reinstalá-los do novo repositório php54:
rpm -qa | grep ^php53u.* > /root/php-packages.log
Guarde uma cópia da lista produzida. Em um dos meus servidores, esta lista se parece com:
$ rpm -qa | grep ^php54*
php54-common-5.4.4-1.ius.el6.x86_64
php54-pdo-5.4.4-1.ius.el6.x86_64
php54-mysql-5.4.4-1.ius.el6.x86_64
php54-fpm-5.4.4-1.ius.el6.x86_64
php54-gd-5.4.4-1.ius.el6.x86_64
php54-cli-5.4.4-1.ius.el6.x86_64
php54-5.4.4-1.ius.el6.x86_64
php54-mbstring-5.4.4-1.ius.el6.x86_64
Posso removê-los, sem remover dependências, como tal:
for p in $( cat /root/php-packages.log ); do rpm -e --nodeps $p; done
(Note que estou usando 'php54' aqui, você precisará usar 'php53u').
Depois de ter feito isso, basta instalar o pacote php54 via yum:
yum install php54
OU você pode automatizar a reinstalação de tudo:
yum install $( cat /root/php-packages.log | sed 's/php53u/php54/g' )
Feito.
Aqui está um folheto para a coisa toda:
rpm -qa | grep ^php53u.* > /root/php-packages.log; for p in $( cat /root/php-packages.log ); do rpm -e --nodeps $p; done; yum install $( cat /root/php-packages.log | sed 's/php53u/php54' ) -y
Espero que isso ajude: -)