Primeiro, não faça a versão controlar seus backups de banco de dados.
Um backup é um backup - um ponto no tempo. Usar o controle de versão soa como uma boa idéia, mas perceber que isso significa que você precisará restaurar todo o repositório SVN (ZOMG Freaking ENORME ) se você tiver uma falha catastrófica e precisar recupere seu banco de dados. Isso pode ser um tempo de inatividade adicional que você não pode pagar.
Em segundo lugar, certifique-se de que seus backups estão saindo do site de alguma forma.
Um backup na máquina local é ótimo se você precisar restaurar os dados porque você bagunçou e derrubou uma tabela. Não adianta nada se os discos do seu servidor morrerem.
As opções incluem um disco rígido externo ou o envio dos backups para uma máquina remota usando o rsync. Existem até mesmo provedores de serviços de armazenamento, como o rsync.net, que se especializam nisso.
Em terceiro lugar, em relação à frequência de backups: apenas você sabe com que frequência precisa fazer isso.
Minha empresa atual tem um banco de dados escravo com replicação quase em tempo real de nossos dados de produção. Esse escravo é armazenado em backup todas as noites em uma máquina local, que é sincronizada com uma instalação de armazenamento externo.
No caso de uma falha de hardware de produção, ativamos o escravo. A perda de dados deve ser mínima, assim como o tempo de inatividade. No caso de uma exclusão acidental de tabela, podemos restaurar a partir do backup local (perdendo até 1 dia de dados). No caso de um incidente catastrófico, podemos restaurar a partir do backup externo (o que leva um tempo, mas novamente só perderá até 1 dia de dados).
Se esse tipo de esquema de backup funciona para você depende dos seus dados: Se ele mudar com frequência, talvez seja necessário investigar uma estratégia de backup que permita a recuperação pontual (as soluções de envio de logs geralmente podem fazer isso). Se é basicamente estático, você só precisa fazer o backup uma vez por mês. A chave é garantir que você capture alterações em seus dados dentro de um tempo razoável de quando elas são feitas, garantindo que você não perca essas alterações no caso de um incidente grave.