iostat -xd fornecerá as médias desde a última redefinição do contador (normalmente a última reinicialização do sistema), enquanto iotop produz médias do último segundo. Se você quiser resultados comparáveis, acrescente um intervalo de tempo de atualização à sua chamada iostat , como
iostat -xdm 5
para média ao longo de um período de tempo de 5 segundos. Você ainda precisaria jogar fora as primeiras linhas de saída (como seria a média do último reset do contador) e aguardar o segundo conjunto de linhas de saída para ver as médias "atuais".