Para esse tipo de pergunta, sugiro que você leia as postagens 4sysops das recentes discussões x86 x x64.
- Windows 7 x64 ou Windows 7 x 86? Minhas experiências com o Vista de 64 bits
- Windows 7: de 64 bits ou 32 bits? Memória e desempenho
- Vista x86 ou Vista x64? E quanto à compatibilidade de hardware?
- Enquete: Vista x86 ou Vista x64? Qual a sua escolha?
Minha sugestão? Já que você já está rodando o x64, eu ficaria com ele. A maioria dos servidores hoje em dia deve estar na tecnologia x64. A ideia de provas futuras também vem à mente.