Infelizmente, não acho que rsync tenha algum recurso de renomeação integrado. A primeira solução que vem à mente é que você pode criar um diretório espelho local, com links simbólicos (renomeados) para os dados reais. Em seguida, você pode usar rsync no diretório espelho, adicionando a opção -L ("transformar link simbólico em arquivo / dir referent"). Você gostaria de escrever um script de ajuda rápida para automatizar a atualização da estrutura espelhada, mas não parece muito assustador.