Tem a certeza de que o ntpdate é o seu problema? Ele não é executado como um serviço e normalmente só é executado quando uma interface é ativada em sistemas Ubuntu recentes.
Para desabilitar o ntpdate em um sistema Ubuntu sem removê-lo, você pode simplesmente atualizar /etc/default/ntpdate
e adicionar a palavra exit
como primeira linha ou alterar a variável NTPSERVERS
para estar vazia.
Tem certeza de que o problema não está relacionado ao seu pacote de ferramentas de VM? Você tem certeza de que não instalou um daemon ntp completo?
Intencionalmente, manter o tempo fora de sincronia em uma única VM pode ser um pouco difícil. O relógio do sistema é um dos recursos que realmente não são virtualizados muito bem.