Você não deve fazer backup em um único disco rígido externo, mas não pelo motivo que você disse.
Não há nada de errado em ir de disco para disco, os dados em fitas geralmente duram mais do que nos discos, mas estamos falando de anos ou décadas, não da escala de tempo com a qual eu imagino que você esteja preocupado.
A minha preocupação é que é um disco rígido único que você está fazendo backup, o que acontece se alguns dados forem corrompidos ou excluídos e demorar alguns dias? Nesse ponto, você pode não ter uma cópia.
É uma escola antiga, mas eu usaria um esquema de avô / pai / filho para um < em> bando de discos.