Use um processo Kickstart ou equivalente para gerenciar a construção. Use um produto de gerenciamento de configuração, como o Puppet, para implantar suas configurações.
Você também pode usar um pouco de mágica de script para iniciar o gerenciamento de configuração no final de sua compilação para torná-lo uma experiência perfeita.
Meu script define um IP estático, configura o OSSEC e executa alguns fantoches para resolver todas as dependências e, em seguida, executa uma atualização do yum (sou principalmente um usuário do CentOS).
É possível juntar outros métodos para obter os mesmos resultados, mas descobri que este é o método mais flexível com o qual trabalhei.