A melhor maneira de juntar vmdks separados é através do utilitário vmware-vdiskmanager. Por exemplo,
vmware-vdiskmanager.exe -r first-of-many.vmdk -t 0 Merged.vmdk
-r
especifica o disco de destino, -t
especifica o tipo de disco que será criado.
Nesse caso, 0
cria um disco expansível em um único arquivo. Esse comando deve deixar o vmdk da divisão original no lugar, para que você possa verificar se tudo está funcionando corretamente com o disco recém-criado.
Consulte o link para documentação.
Os próprios vmdk não representam partições individuais. Se você deseja ter um vmdk separado para o espaço de troca e armazenamento do SO, é necessário criá-los em discos virtuais separados. Em outras palavras, o espaço de troca tem um disco rígido virtual de 1 GB para si mesmo.