Não sei exatamente o que você fez. Se você se levantou um domínio paralelo separado, você está em algum trabalho. Se você adicionou samba4 DCs ao seu ambiente samba3 e depois acabou de desassortar os samba3 DC, então você está em boa forma.
Supondo que você tenha feito a segunda opção, é tão simples quanto apontar os clientes para os servidores DNS que hospedam a (s) zona (s) do seu diretório. Você é inteligente, então eu suponho que este não é o caso ou você teria percebido isso até agora. :)
Supondo que você tenha trabalhado em um ambiente separado em paralelo, você precisará fazer uma migração. No mundo do Windows, existe uma ferramenta para isso . Ele irá transparentemente traduzir as permissões de arquivo, perfis de usuário, etc e, em seguida, alterar a participação no domínio. Isso funcionará com os CDs do samba? Eu não tenho nenhuma pista. Se esta não for uma opção viável, você pode ficar preso sem se unir e reunir, ou criar scripts com algo com netdom