Existem chaves de registro específicas que você pode aplicar para desabilitar o SSLv2 e todas as cifras fracas no IIS.
Para desativar o SSLv2, aplique estas alterações no registro:
[HKEY_LOCAL_MACHINE \ SYSTEM \ CurrentControlSet \ Control \ SecurityProviders \ SCHANNEL \ Protocolos \ PCT 1.0 \ Servidor]
"Ativado" = dword: 00000000
[HKEY_LOCAL_MACHINE \ SYSTEM \ CurrentControlSet \ Control \ SecurityProviders \ SCHANNEL \ Protocolos \ SSL 2.0 \ Server]
"Ativado" = dword: 00000000
Para desabilitar códigos fracos, aplique essas alterações no Registro:
[HKEY_LOCAL_MACHINE \ SYSTEM \ CurrentControlSet \ Controle \ SecurityProviders \ SCHANNEL \ Ciphers \ DES 56/56]
"Ativado" = dword: 00000000
[HKEY_LOCAL_MACHINE \ SYSTEM \ CurrentControlSet \ Control \ SecurityProviders \ SCHANNEL \ Cifras \ NULL]
"Ativado" = dword: 00000000
[HKEY_LOCAL_MACHINE \ SYSTEM \ CurrentControlSet \ Controle \ SecurityProviders \ SCHANNEL \ Ciphers \ RC2 40/128]
"Ativado" = dword: 00000000
[HKEY_LOCAL_MACHINE \ SYSTEM \ CurrentControlSet \ Controle \ SecurityProviders \ SCHANNEL \ Ciphers \ RC2 56/128]
"Ativado" = dword: 00000000
[HKEY_LOCAL_MACHINE \ SYSTEM \ CurrentControlSet \ Controle \ SecurityProviders \ SCHANNEL \ Ciphers \ RC4 40/128]
"Ativado" = dword: 00000000
[HKEY_LOCAL_MACHINE \ SYSTEM \ CurrentControlSet \ Controle \ SecurityProviders \ SCHANNEL \ Ciphers \ RC4 56/128]
"Ativado" = dword: 00000000
[HKEY_LOCAL_MACHINE \ SYSTEM \ CurrentControlSet \ Controle \ SecurityProviders \ SCHANNEL \ Ciphers \ RC4 64/128]
"Ativado" = dword: 0000000
Fonte - Esta página também lista como desativar SSLv2 / cifras fracas no Apache
Para testar a configuração, você pode usar o OpenSSL, a ferramenta THCSSLCheck ou o novo projeto do SSL Labs