Já experimentou o link ? Ele suporta muitas coisas para fazer backup, incluindo o Amazon S3. Na página de recursos,
Currently local file storage, scp/ssh, ftp, rsync, HSI, WebDAV, Tahoe-LAFS,
and Amazon S3 are supported, and others shouldn't be difficult to add.
rsnapshot não é mais um projeto desenvolvido (a última versão 1.2.0 foi em 2005). A duplicidade é ativamente desenvolvida (lançamento de maio de 2012) e você pode querer dar uma olhada nisso.
UPDATE 1: Duplicity suporta permissões completas do UNIX - link
Duplicity incrementally backs up files and directory by encrypting tar-format volumes with GnuPG and uploading them to a remote (or local) file server. See URL FORMAT for a list all supported backends and how to address them. Because duplicity uses librsync, the incremental archives are space efficient and only record the parts of files that have changed since the last backup. Currently duplicity supports deleted files, full Unix permissions, uid/gid, directories, symbolic links, fifos, etc., but not hard links.
s3 tem políticas de objetos e buckets para acesso de leitura / gravação / atualização que você configura para usuários e grupos.
UPDATE 2: o rsnapshot tem uma comunidade ativa do github e os lançamentos são frequentes link