Seu instinto está correto; Eu não iria mais longe do que os discos. Os discos SATA de nível de consumidor são terrivelmente lentos e não adequados para hospedar aplicativos de negócios. O elo fraco será a velocidade real do fuso e o controlador de armazenamento (RAID). Tudo o mais, o SCSI serial-attached (SAS) renderá muito mais IOPS do que o SATA. Evite o RAID5 para bancos de dados (a maioria), use o RAID10 sempre que possível.
Infelizmente, como acontece com muitos outros problemas de TI, a única solução real é "ser menos pobre".
ATUALIZAÇÃO:
Para responder à sua pergunta sobre o "% Tempo de Leitura do Disco", consulte o seguinte artigo da Microsoft KnowledgeBase. Parece que alguns controladores de armazenamento relatam estatísticas de uma maneira estranha. Com isso dito, definitivamente parece que seus discos estão sendo empurrados para o limite absoluto.