Parece que o problema foi causado porque, quando você adicionou a linha aberta, usou iptables -A INPUT ...
, que a adicionou ao final da cadeia de entrada logo após a regra REJECT all.
Como o iptables funciona na primeira partida, vence sua regra de aceitar que todas as regras nunca são correspondidas, então a porta 3000 está bloqueada.
Você deve usar iptables -I...
para inserir regras em um lugar específico na cadeia ou no começo, então algo como
iptables -I INPUT -p tcp --dport 3000 -j ACCEPT
deve fazer o que quiser.
Se você quiser que as regras sejam salvas, então, após a reinicialização, tudo ficará bem, faça:
service iptables save