Eu realmente não uso Munin, mas como eu vejo uma configuração unknown_limit
pode ser definida para itens / plugins que define quantas leituras consecutivas mal sucedidas devem ocorrer antes de definir um valor como "desconhecido".
Com base no módulo Munin :: LimitsOld, o padrão é 3, acho que você deve tentar definir ou aumentar esse número.
Eu verifiquei isso no Munin 1.4.5.