Infelizmente, ambos são muito comuns. A maior parte do software OpenSource que eu encontrei usa lixo, e a maioria dos softwares proprietários parece usar spam. Novos usuários podem estar acostumados a ...
A única "solução" que encontrei é usar um ou outro, e fazê-lo de forma muito consistente. Em casa também uso o RoundCube e padronizei o "Junk" muito antes. Se eu tivesse escolhido "Spam", eu simplesmente mudaria os locais padrão e os rótulos dos botões no RC para que correspondesse. No trabalho, usamos o Exchange / Outlook, portanto, "Spam" foi a escolha mais clara já que tudo já estava configurado (apesar do fato de os botões e opções de menu do Outlook serem para "Junk Mail").
Pode ser possível, dependendo da configuração do servidor, ter as duas pastas vinculadas ao mesmo local. Descobri que isso causa confusão, mais do que escolher um ou outro (os usuários perguntaram "Qual é a diferença", apesar de terem exatamente o mesmo conteúdo).
INBOX
é parte do padrão IMAP, os outros três geralmente foram padronizados nesses nomes, mas também vi "Itens Enviados" em vez de "Enviados", "Excluídos" e "Itens Excluídos" em vez de "Lixo". "Rascunhos" é o único que eu nunca vi uma variante.