De acordo com o Nagios Support Forum aqui: Limpar estado, registros, etc. o melhor caminho?
Encerre o serviço nagios e remova o arquivo de retenção:
service nagios stop
rm /usr/local/nagios/var/retention.dat
service nagios start
Exclua os arquivos nagios.log arquivados:
/usr/local/nagios/var/archives/
Dito isso, eu nunca fiz nenhum desses em qualquer ambiente do Nagios ... então certifique-se de fazer o backup das pastas / arquivos primeiro em algum lugar e então tente e verifique se ele foi feito.