Para encontrar "índices ausentes", você pode usar o dmvs: Um Dois Search
O Profiler é útil, mas impõe alguma carga. Você só precisa ter cuidado para ver o rastreio corretamente e não iniciar um em um servidor que já tenha problemas de desempenho ...
Tenha cuidado com o seu perfil também. Eu vi alguns idiot dump planos de consulta de texto do profiler em um servidor em execução que prontamente morreu tentando gravar 100s de MBs de arquivos de rastreamento a cada segundo.