OK, isso está resolvido. Acontece que é um problema com as configurações do mouse do Gnome (Sistema- > Preferências- > Mouse). Se você selecionou "Mostrar posição do ponteiro quando a tecla Control é pressionada", ele não passará as teclas Ctrl para Citrix. Isso não afeta nenhum dos meus outros aplicativos, incluindo clientes RDP, por isso não sei por que isso é um problema para o Citrix