Você não deseja ter a seção [web] no arquivo hgweb.config . Em vez disso, você quer um indivíduo [web] config em cada repositório, usando os arquivos
/home/mercurial/repo01/.hg/hgrc
/home/mercurial/repo02/.hg/hgrc
etc...
Eu mesmo achei a página wiki de repositórios de publicação como um bom tutorial.