O Apache 1.3 não usa expresso regulares compatíveis com Perl (PCRE), ele usa regexes POSIX. Regexes POSIX não suportam a visão negativa. O suporte PCRE é um novo recurso que começa no Apache 2.
Quanto a como fazer isso funcionar, você provavelmente precisará usar alguns RewriteCond para que a regra NÃO seja acionada se corresponder a um desses três ... talvez:
RewriteCond %{REQUEST_URI} !index.php.*
RewriteCond %{REQUEST_URI} !skin/.*
RewriteCond %{REQUEST_URI} !js/.*
RewriteRule ^(?!index.php)(?!skin/)(?!js/)(.+) /index.php?file=$1 [NC,L]
Claro, eu não testei isso ... Eu não tenho mais nenhum Apache 1.3.