Embora isso pareça ser um bug conhecido ( link ), eu encontrou esta solução alternativa (como indicado no comentário # 12 no relatório) :
Defina a opção como "padrão do sistema" em vez de "gnome ou classic", Agora, as extensões devem permanecer ativadas após a reinicialização.
Não tenho certeza se funciona para todos, mas funciona para minha configuração.