Sim, você precisa zerar o sistema de arquivos se quiser recuperar o espaço usado pelos arquivos excluídos. E não, o qemu-img não está ciente do fs.
Esqueci de fazer isso por uma imagem de VM que criei hoje (uma imagem mínima do Debian Sid para minha nuvem openstack no trabalho) e acabou sendo quase 900MB, mesmo com "-c" para compactação qcow2.
Eu recriou depois de executar "dd if = / dev / zero de = / root / zero; rm -f / root / zero; desligamento -h now", e o tamanho da imagem diminuiu para cerca de 335MB. Isso é muito menos (sem valor) dados para copiar sempre que eu inicio uma nova instância.
havia muitos arquivos deletados, porque a VM começou como debian squeeze e foi apt-get atualizada para sid.