Eu me deparei com a sua pergunta com o mesmo problema de alias apache do letsencrypt acme. Depois de ler a documentação do apache, ainda não entendi porque o alias global não funciona como esperado (de acordo com a documentação que deveria).
De qualquer forma, aqui está uma solução alternativa que usa o RedirectMatch (que, de acordo com a documentação, é avaliada antes do alias). Requer um host adicional e um arquivo de configuração global:
- Crie um (sub) domínio / host adicional que só atenda a solicitações acme, digamos "acme.mydomain.tld"
-
Criar (e habilitar) uma configuração global que redireciona todos os pedidos acme para esse host, excluindo o próprio host do redirecionamento:
<If "%{HTTP_HOST} != 'acme.mydomain.tld'">
RedirectMatch "^/.well-known/(.*)$" "http://acme.mydomain.tld/.well-known/$1"
</If>
Isso funciona para todos os meus VirtualHosts que tiveram problemas com a antiga abordagem de alias.