O comando interativo genkey não lhe dará a opção de alterar os padrões, mas você poderá atualizar seu /etc/pki/tls/openssl.cnf se realmente quiser usar esse comando.
Alterar:
default_md = sha1
Para:
default_md = sha256
Ou você pode usar o comando openssl direct. Se o algoritmo de hash estiver definido como SHA1 por padrão, você poderá usar o parâmetro -sha256 para forçar o SHA2.
openssl req -new -sha256 -key private.key > new_sha256.csr