Para que a conexão VPN apareça no Network Manager, verifique se todos esses pacotes estão instalados:
network-manager-openvpn
network-manager-openvpn-gnome
network-manager-pptp
network-manager-vpnc
Pode ser um exagero, mas funciona.
Mesmo com isso, funcionou um pouco flakey em 16.04. Um dos meus PCs emitiu um erro quando tentei abrir o arquivo .ovpn. Eu tive que configurá-lo manualmente. Em um PC diferente, funcionou bem.