Não há suporte a dispositivos USB nativos para VMs do Hyper-V por uma infinidade de motivos. A principal delas é a quebra de cenários de migração ativa e failover. Isso é bem típico dos hipervisores tipo 1. O ESXi também não suporta dispositivos USB genéricos conectados ao host.
Você pode contornar isso apresentando o disco USB como um dispositivo de passagem como descrito neste post no blog do TechNet . O exemplo vinculado usa a GUI, mas você pode fazer tudo usando diskpart.exe
e o console de gerenciamento remoto do Hyper-V em seu servidor Hyper-V 2012.