Eu tive um problema semelhante com index.html arquivos, que é como eu cheguei aqui do Google. Entre outros problemas, a mudança de spawn para php-fpm deu a maioria dos meus domínios "Access denied" errors. Eu tenho o mesmo "ver security.limit_extensions" no meu error.log. Os arquivos index.html afetados também não tinham código PHP, mas eu assumo que o NginX ainda tentou executá-los através do php-fpm, lançando assim os erros. Estou usando o CentOS:
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Edite
/etc/php-fpm.d/www.conf
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Descomente esta linha, por padrão .htm e .html estão bloqueados:
security.limit_extensions = .php .php3 .php4 .php5 .html .htm
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service php-fpm restart