Gostaria de avisá-lo para não fazê-lo, a menos que você esteja realmente certo de que isso é o que você realmente quer (como ter dois servidores conectados diretamente pelo cabo cruzado nas interfaces Ethernet Gigabit).
Já existe o algoritmo PMTUD, que é capaz de deduzir o tamanho da MTU ao longo do caminho. E quando subir o MTU acima disso, você experimentará alguma perda de pacotes ou fará com que os administradores de rede fiquem tristes, porque seus roteadores e switches terão que fragmentar seus pacotes usando CPU em vez de roteamento rápido com ASICs.
Se é isso que você quer, então você pode querer ver http://wiki.archlinux.org/index.php/Jumbo_Frames, que tem ótimos números e dicas. O comando básico é ip link set mtu 4000 dev eth0
(ou ifconfig eth0 mtu 4000
para a ferramenta ifconfig mais antiga) para pacotes de 4K.