Você só precisa de um registro A para hospedar um subdomínio. Um registro CNAME é basicamente um alias. Por exemplo, os registros www geralmente são registros CNAME para o domínio raiz, pois geralmente são a mesma página.
O GoDaddy oferece controle total de DNS e definitivamente tem a capacidade de fazer isso.
Mesmo no bind, para hospedar um subdomínio no IP diferente do site principal, os registros seriam parecidos com isto:
; Main Site
@ IN A 192.168.1.1
www IN CNAME mysite.com.
; Blog
blog IN A 192.168.1.2