Execute o comando rename abaixo no diretório em que *.txt.txt arquivos estão armazenados,
rename 's/\.txt$//' *.txt
Ele verifica os arquivos terminados com .txt , se encontrar algum, então remove a última parte .txt .
OR
Se a pasta contiver arquivos em ambos os formatos, como file.txt.txt e file.txt , você poderá executar o comando abaixo para remover a última parte .txt somente dos arquivos com o formato file.txt.txt ,
rename 's/\.txt$//' *.txt.txt