Um aviso de descontinuidade não é um problema em si mesmo.
O Notas de lançamento do Perl 5.21.1 indicam:
If you want a literal left curly bracket (also called a left brace) in a regular expression pattern, you should now escape it by either preceding it with a backslash ("\{") or enclosing it within square brackets "[{]", or by using \Q; otherwise a deprecation warning will be raised. This was first announced as forthcoming in the v5.16 release; it will allow future extensions to the language to happen.
Você poderia denunciar este bug aos autores do Automake, embora eles possam deseja manter a compatibilidade com versões mais antigas do Perl.