Eu provavelmente faria as duas coisas. Com algo como:
<VirtualHost 111.22.33.44:80>
ServerName subdomain.site.com
#Using Wildcard: might as well handle any variation
#such as ww.subdomain.site.com (remember to set this in DNS too)
ServerAlias *.subdomain.site.com
RewriteEngine On
#Change all variations to the Canonical hostname for SEO.
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^subdomain.site.com [NC]
RewriteRule ^/(.*)$ http://subdomain.site.com/$1 [R=301]
Include conf/subdomain.conf
</VirtualHost>
Nota: a solução de David Zaslavsky acima faz mais ou menos a mesma coisa, mas desta forma você não precisa fazer uma seção VirtualHost separada para cada subdomínio.