Listar os diretórios não significa que o sistema de arquivos é ok, você está apenas visualizando metadados (que é uma porcentagem pequena de um sistema de arquivos).
- Crie um backup de tudo que você puder
- Executar uma verificação do sistema de arquivos (fsck)
- Crie outro backup (caso o fsck tenha conseguido salvar mais alguns arquivos)
- Substitua o disco