Use o comando fstrim .
Eu faço isso para VMs e outros sistemas de arquivos thin-provisioned, ZFS zvols e armazenamento baseado em SSD com um script cron fácil:
#!/bin/bash
for fs in $(lsblk -o MOUNTPOINT,DISC-MAX,FSTYPE | grep -E '^/.* [1-9]+.* ' | awk '{print $1}')
do fstrim $fs > /dev/null 2>&1
done