Primeiro, a porcentagem da CPU! = média da carga. Você provavelmente deveria ler sobre qual é a diferença.
Agora, para sua pergunta. Se a média de carga atingir o ponto certo no login, mesmo que por alguns segundos, isso é o suficiente para empurrá-la por cima de 1,00, o que desativará a exibição de informações do sistema do Ubuntu. Picos curtos como esse frequentemente são "calculados" quando exibidos em gráficos de longa duração, para que você não os veja. Além disso, os gráficos do AWW cloudwatch não podem saber qual é a média de carregamento do seu sistema. Somente o kernel em sua instância pode saber disso. O Cloudwatch só consegue ver quanta CPU você está usando, que é apenas um pequeno componente que entra na média de carga.